- Att identifiera biomarkörer för s³Ù°ùÃ¥±ô²Ô¾±²Ô²µ²õ»å´Ç²õ¾±³¾±ð³Ù°ù¾± med hjälp av ³¾²¹²õ°ì¾±²Ô¾±²Ô±ôä°ù²Ô¾±²Ô²µ är ett relativt nytt sätt att arbeta med inom cancerbehandling, vilket tidigare varit ett manuell och tidskrävande metod som ocksÃ¥ kan pÃ¥verkas av den mänskliga faktorn. Genom försök pÃ¥ mus och rÃ¥tta har dessutom Britta Langens en mycket stor ³¾Ã¤²Ô²µ»å data där olika typer av strÃ¥lning utförts pÃ¥ vävnader sÃ¥ som njure, lever och lungor. För att fÃ¥ en ännu mer effektiv och ²õä°ì±ð°ù analysmetod vände de sig till oss, säger Björn Andersson som är bioinformatiker och den som utvecklat programmet.
Optimera Algoritmer
Genom att anpassa och optimera algoritmer i programmeringsspråket R, har verktyget skräddarsytts för att snabbt kunna köra igenom de upp emot 10 000 gener som kan finnas i ett enda prov. Men verktyget kan också med enkelhet läras om för att och kunna analysera andra typer av expressionsdata, exempelvis från proteiner.
- De vinster vi får rent metodologiskt blir att vi dels inte behöver leta manuellt efter biomarkörer en gen åt gången, vilket sparar mycket tid. Dessutom kan vi minska eller i många fall eliminera den mänskliga faktorn eftersom dataanalysen blir automatiskt reproducerbar och enkelt kan verifieras, vilket ger säkrare data utan risk för mänskliga feltolkningar eller missar, säger Björn.
Patientnytta största vinsten
I ²õ±ô³Ü³Ùä²Ô»å²¹²Ô är de största vinsterna de som kommer patienterna till gagn.
- Genom snabb och ²õä°ì±ð°ù analys av data kan patienter följas genom ²õ³Ù°ùÃ¥±ô²ú±ð³ó²¹²Ô»å±ôingen pÃ¥ ett helt nytt sätt där optimal och individanpassad cancerbehandling är mÃ¥let, säger Björn som ocksÃ¥ lyfter fram framtida möjligheter sÃ¥ som ett webbaserat verktyg där data kan laddas upp och enkelt analyseras utifrÃ¥n olika behov och prover.
Projektet finansierades av SFF Stiftelsen för strategisk forskning.
