91̽»¨

Kursen är en biologikurs på avancerad nivå som ingår i masterprogrammet i Bioinformatik. Kursen ges även som fristående kurs som kan ingå i t.ex. masterexamen i biologi, molekylärbiologi eller marinbiologi.

För tillträde till kursen krävs godkända kurser om minst 120 hp (eller motsvarande) inom något av följande områden: naturvetenskap (inklusive matematik), medicin och farmaci.

Det rekommenderas att man läst andra kurser i bioinformatik, så som BIO511 eller motsvarande.

Dessutom krävs engelskakunskaper motsvarande nivå Engelska 6/Engelska Kurs B från Svenska Gymnasieskolan, eller certifiering via ett internationellt erkänt prov, till exempel TOEFL eller IELTS eller motsvarande.

Kursen introducerar bioinformatiska analyser med fokus på RNA och proteinbiologi. Kursen kommer beskriva och förklara olika metoder för analys och tolkning av storskalig genexpression dvs transkriptomik(RNA-Seq).

Kursen introducerar också studenterna för proteomik med fokus på NMR inklusive dataanalys och tolkning av resultat samt strukturanalys av proteiner.

Bioinformatiska verktyg och program inklusive användning av kodkommandon och Python programmering kommer användas för analyser av data i praktiska projekt som utförs under kursens gång. De praktiska delarna kommer också introducera teori och praktik för metoder och program som används för att visualisera data för nukleotid och aminosyrasekvenser.

Kursen kommer lägga fokus på studentens förståelse för vilken information som genereras och vilka begränsningar som finns hos olika omics-metoder och bioinformatiska analysmetoder samt hur resultat utvärderas och tolkas i ett biologiskt perspektiv. Kunskaper som förvärvas i kursen är centrala inom molekylärbiologi, biologi och systembiologi och kan appliceras inom de flesta biologiska och medicinska ämnesområden.

Kursen är uppdelad i delkurser;

Delkurs 1; Bioinformatisk teori, 10 högskolepoäng

Delkurs 2; Bioinformatiska datalaborationer, 5 högskolepoäng

Efter genomgången kurs kommer studenten att kunna:

Kunskap och förståelse

• Redogöra för transkription- och translationsprocesser hos prokaryota och eukaryota organismer
• Redogöra för transkription och translation -omics metoder med fokus pÃ¥ sekvensbaserade analyser och proteinstrukturanalyser
• Redogöra för arbetsflöde och metodik för RNA bibliotekpreparation, sekvensering, analys och visualisering av transkriptomikdata
• Redogöra för och förklara arbetsflöde och analyser för strukturbestämning för proteiner

Färdigheter och förmåga

• Tolka transkriptomik och proteomikdata
• Använda bioinformatiska verktyg för analys och visualisering av sekvensdata
• Utföra och tolka statistiska data och visualisering av stora datamängder
• Presentera och diskutera bioinformatiska resultat

Värderingsförmåga och förhållningssätt

• Kritiskt granska och utvärdera kvaliteten hos genererad information frÃ¥n olika dataset
• Diskutera och resonera kring begränsningar för olika analysmetoder inom RNA och proteinbiologi

Delkurs 1; Kursen innehåller teoretiska föreläsningar med biologisk bakgrund för transkription och translation i olika organismer. Teori för metoder inom transkriptomik och proteomik samt bioinformatiska analyser som används i den praktiska delen samt exemplifiering av tolkning av data undervisas och diskuteras.

Delkurs 2; Delkursen använder bioinformatiska praktiska moment för att applicera och fördjupa teoretisk kunskap. Praktiska moment och deltagande i muntlig och/eller skriftlig redovisning av de praktiska momenten är obligatoriska.

Delkurs 1; Kursen avslutas med en tentamen som bedömer studenternas prestationer på den teoretiska delen av kursen.

Delkurs 2; Aktivt deltagande i bioinformatiska praktiska moment och godkända presentationer och rapporter krävs för att bli godkänd på den bioinformatiska delen av kursen.

Om en student som har underkänts två gånger på samma examinerande moment önskar byta examinator inför nästa examinationstillfälle ska en sådan begäran bifallas om det inte finns särskilda skäl däremot (6 kap. 22 § HF).

Om en student har fått besked om pedagogiskt stöd från Göteborgs universitet med rekommendation om anpassad examination och/eller anpassad examinationsform kan examinator, i det fall det är förenligt med kursens lärandemål och förutsatt att inte orimliga resurser krävs, besluta att bevilja studenten anpassad examination och/eller anpassad examinationsform.

Om en kurs har avvecklats eller genomgått en större förändring ska studenten erbjudas minst två examinationstillfällen, utöver ordinarie examinationstillfälle. Dessa tillfällen fördelas under en tid av minst ett år, dock som längst två år efter det att kursen avvecklats/förändrats. Vad gäller praktik och verksamhetsförlagd utbildning (VFU) gäller motsvarande, men med begränsning till endast ett ytterligare examinationstillfälle.

Om en student har fått besked om att denne uppfyller kraven för att vara student vid Riksidrottsuniversitetet (RIU-student) har examinator rätt att besluta om anpassning vid examination, om detta görs i enlighet med Lokala regler gällande RIU-studenter vid Göteborgs universitet.

Delkurs 1; Betygsskalan på kursen omfattar: Väl Godkänd (VG), Godkänd (G) och Underkänd (U).

För godkänd kurs krävs 60% av total poäng för den teoretiska tentamen. För betyget Väl godkänd krävs 85% på den teoretiska delen.

Delkurs 2; Praktiska moment och redovisning kommer poängsättas och kan ge godkänd (G) eller underkänd (U).

Slutbetyg; För godkänd kurs krävs 60% av total poäng för den teoretiska tentamen. För betyget Väl godkänd krävs 85% rätt på den teoretiska delen. Godkänd Delkurs 2 krävs för slutbetyg

Resultatet och eventuella förändringar i kursens upplägg ska förmedlas både till de studenter som genomförde värderingen och till de studenter som ska påbörja kursen.